Особенности определения налоговой базы по операциям с ценными бумагами установлены ст. 280 НК РФ.
Согласно п. 2 ст. 280 НК РФ доходы налогоплательщика от операций по реализации или иного выбытия ценных бумаг (в том числе погашения) определяются, в частности, исходя из цены реализации или иного выбытия ценной бумаги.
Расходы при реализации (или ином выбытии) ценных бумаг определяются, в частности, исходя из цены приобретения ценной бумаги (включая расходы на ее приобретение) и затрат на ее реализацию.
Датой осуществления расходов, связанных с приобретением ценных бумаг, включая их стоимость, признается дата реализации или иного выбытия ценных бумаг, если иное не установлено ст. ст. 261, 262, 266 и 267 НК РФ (пп. 7 п. 7 ст. 272 НК РФ).
В соответствии с п. 9 ст. 280 НК РФ при реализации или ином выбытии ценных бумаг налогоплательщик самостоятельно в соответствии с принятой в целях налогообложения учетной политикой выбирает один из следующих методов списания на расходы стоимости выбывших ценных бумаг:
- по стоимости первых по времени приобретений (ФИФО);
- по стоимости последних по времени приобретений (ЛИФО);
- по стоимости единицы.
Таким образом, при реализации организацией части облигаций и определении налоговой базы по операциям с ценными бумагами организации необходимо учитывать стоимость той части облигаций, которая была приобретена первой по времени, но не передана в РЕПО.