Организации, которые в соответствии с Федеральным законом от 21.11.96 № 129-ФЗ «О бухгалтерском учёте» обязаны вести бухгалтерский учёт, на основании подп. 5 п. 1 ст. 23 НК РФ обязаны представлять бухгалтерскую отчётность в налоговый орган по месту своего нахождения. Вместе с тем они вправе представлять бухгалтерскую отчётность и по месту нахождения своих обособленных подразделений.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 07.07.2009 № 03-02-07/1-345.