Соответствующие разъяснения дал Минфин России в письме от 11.03.2020 №03-02-07/2/18031.
Ведомство сообщило, что для налогообложения местом нахождения наземных транспортных средств и маломерных судов признается место нахождения владеющей ими организации или её обособленного подразделения, по которому зарегистрировано транспортное средство. При этом организации ставятся и снимаются с учета в налоговых органах по месту нахождения транспорта на основании сведений, которые сообщают налоговикам подразделения регистрирующих органов: ГИБДДД МВД России, гостехнадзора, МЧС России, Росморречфлота.
Если сведения об изменении места госрегистрации транспортного средства из-за закрытия обособленного подразделения компании от регистрирующих органов не поступили, нет и оснований для снятия организации с учета в налоговом органе. В этом случае, то есть до изменения сведений ргистрирующих органов, налогоплательщик уплачивает транспортный налог с учетом налоговых ставок и льгот, действующих в регионе по месту нахождения обособленного подразделения, на которое было зарегистрировано транспортное средство.