Налог на добавленную стоимость (российский) у дочерней компании в данном случае не возникает, так как местом реализации инжиниринговых услуг территория РФ признаваться не будет.
В соответствие с подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения по НДС признается реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации. Место реализации определяется согласно порядку, предусмотренному в ст. 148 НК РФ.
Так, в соответствии с подп. 4 п. 1.1 ст. 148 НК РФ местом реализации услуг не признается территория Российской Федерации, если покупатель работ (услуг) не осуществляет деятельность на территории Российской Федерации (то есть является иностранным лицом). Положение настоящего подпункта применяется при выполнении тех видов работ и услуг, которые перечислены в подп. 4 п. 1 ст. 148 НК РФ. К таким работам и услугам относятся, в частности, инжиниринговые услуги.
Таким образом, если российская организация оказывает иностранной организации (в том числе являющейся одновременно и материнской организацией) инжиниринговые услуги, то местом реализации таких услуг территория Российской Федерации не признается и, соответственно, такие услуги НДС в Российской Федерации не облагаются.
При этом положения ст. 148 НК РФ не содержат условия о том, что компания-нерезидент не должна иметь постоянного представительства на территории РФ. Значение имеет то, кто именно является покупателем — сама иностранная компания или ее постоянное представительство, находящееся на территории РФ. При этом дочерняя организация, зарегистрированная на территории РФ, не может считаться представительством иностранной организации.
В рассматриваемом случае непосредственным покупателем инжиниринговых услуг является иностранная организация (которая одновременно является и материнской компанией), а не представительство иностранной организации, находящееся в РФ. Поэтому у дочерней организации обязанности по уплате «российского» НДС не возникает.
Данный вывод подтвержден и в официальных разъяснениях ведомств. Так, в письме Минфина России от 22.02.2017 № 03-07-08/10206 сказано следующее: «...в случае, если непосредственным покупателем оказываемых российской организацией проектных услуг является иностранная организация, а не ее постоянное представительство, находящееся в Российской Федерации, местом реализации таких услуг территория Российской Федерации не признается и, соответственно, эти услуги налогом на добавленную стоимость в Российской Федерации не облагаются».