Прежде всего отметим, что в данной ситуации налогооблагаемый доход от продажи квартиры возникает, только если она находилась в собственности налогоплательщика менее трех лет. Доход от продажи квартиры, приобретенной до 1 января 2016 г. и проданной по истечении трехлетнего периода нахождения в собственности, налогообложению не подлежит. Это следует из ст. 4 Федерального закона от 29.11.2014 № 382-ФЗ «О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации» и подтверждается письмами Минфина России от 07.04.2016 № 03-04-05/19785, от 21.03.2016 № 03-04-05/15483, от 19.02.2016 № 03-04-05/9364.
Итак, если приобретенная до 2014 г. квартира находилась в собственности менее трех лет, доход от ее продажи подлежит обложению НДФЛ. Полученный доход для целей налогообложения можно уменьшить на сумму налогового вычета, предусмотренного подп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ. Он предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилья, не превышающем 1 млн руб. (подп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ). Вместо вычета доход от продажи жилья можно уменьшить на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с его приобретением (подп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ). В письме от 30.01.2015 № 03-04-05/3513 Минфин России указал, что документами, подтверждающими понесенные физическим лицом расходы на приобретение квартиры, могут быть расписка и договор купли-продажи.
Таким образом, если имеются документы, подтверждающие расходы на покупку квартиры, доход, полученный от ее продажи (4 млн руб.) можно уменьшить на сумму этих расходов (2,8 млн руб.). Если же подтверждающих документов нет, уменьшить доход от продажи квартиры можно на имущественный вычет в размере 1 млн руб.
Теперь что касается расходов на приобретение дома. Статьей 220 НК РФ предусмотрено уменьшение налоговой базы по НДФЛ на сумму имущественного налогового вычета в размере фактически понесенных расходов на покупку дома, квартиры, долей в них. При этом независимо от суммы, потраченной на покупку жилья, его максимальный размер не может быть более 2 млн руб. Воспользоваться правом на вычет можно только один раз.
С 1 января 2014 г. благодаря Федеральному закону от 23.07.2013 № 212-ФЗ порядок предоставления этого вычета несколько изменился. Однако поправки не коснулись ни размера вычета, ни положения об однократности его использования.
Из текста вопроса следует, что это право было реализовано при приобретении квартиры. Поэтому применить вычет повторно, то есть в отношении покупки дома, уже нельзя. Минфин России это подтверждает (письма от 27.04.2016 № 03-04-05/24338, от 13.04.2016 № 03-04-05/21195, от 18.03.2016 № 03-04-05/15080, от 25.09.2015 № 03-04-05/55056).
Таким образом, в описанной в вопросе ситуации налоговая база по НДФЛ составит либо 1,2 млн руб. (4 млн руб. – 2,8 млн руб.) — при наличии документов, подтверждающих расходы на покупку квартиры, либо 3 млн руб. (4 млн руб. – 1 млн руб.) — при отсутствии таких документов.