Организация — налоговый агент не обязана удерживать и перечислять налог на доходы физических лиц при выплате аванса. Такой вывод содержится в письме ФНС России от 15.01.2016 № БС-4-11/320.
Объясняется это следующим образом.
Датой фактического получения дохода в виде оплаты труда признается последний день месяца, за который был начислен доход в соответствии с трудовым договором (п. 2 ст. 223 НК РФ). Удержание начисленной суммы налога осуществляется налоговым агентом непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате (п. 4 ст. 226 НК РФ). В соответствии с п. 6 ст. 226 НК РФ налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня, следующего за днем выплаты налогоплательщику дохода.
Таким образом, налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет НДФЛ с заработной платы (в том числе за первую половину месяца) один раз в месяц при окончательном расчете дохода работника по итогам каждого месяца, за который был начислен доход, в сроки, установленные в п. 6 ст. 226 НК РФ.