При аренде муниципального имущества у органов местного самоуправления арендаторы этого имущества признаются налоговыми агентами по НДС. Они обязаны согласно требованиям п. 3 ст. 161 НК РФ исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
В соответствии с подп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ не признается объектом обложения НДС оказание услуг по предоставлению в аренду муниципального имущества казенными учреждениями, не являющимися органами местного самоуправления.
Таким образом, если муниципальное имущество арендуется у казенного учреждения, которое не является органом местного самоуправления, арендатор данного имущества НДС в качестве налогового агента не уплачивает.
(Письмо ФНС России от 16.02.2015 № ГД-4-3/2256@)