Минфин России в письме от 12.08.2013 № 03-07-11/32588 разъяснил, что если субсидии, предоставленные местным бюджетом, являются по существу платой за реализуемые организацией товары (работы, услуги), подлежащие налогообложению, то НДС в отношении данных субсидий исчисляется в общеустановленном порядке.
В случае если субсидии были получены организацией из местного бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретаемых товаров (работ, услуг) с учетом НДС, то такие суммы субсидий в налоговую базу по данному налогу не включаются.