Объектом обложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ (подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).
На основании подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы денежных средств, полученные в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счёт увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).
То есть денежные средства, не связанные с оплатой подлежащих налогообложению НДС товаров (работ, услуг), в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.
Таким образом, денежные средства, выделенные автономному учреждению на компенсацию расходов по оплате приобретаемых им товаров (работ, услуг), в налоговую базу по НДС не включаются.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 29.04.2010 № 03-07-11/156.