Если покупатель в 2018 г. перечислил продавцу предоплату в счет предстоящей в 2019 г. поставки товаров (выполнения работ, оказания услуг), стороны могут договориться о том, что покупатель по перечисленной предоплате производит доплату 2% НДС. Если такое перечисление происходит после 1 января 2019 г., налоговики рассматривают такой платеж именно как доплату налога, а не как дополнительную предоплату товаров, с которой нужно уплатить НДС по ставке 20/120. И согласно разъяснениям, данным ФНС России в письме от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@, продавец в этом случае выставляет в адрес покупателя корректировочный счет-фактуру на разницу между показателем суммы налога по счету-фактуре, составленному ранее с применением налоговой ставки в размере 18/118, и показателем суммы налога, рассчитанной по ставке 20/120.
Покупатель, перечисливший продавцу предоплату, вправе принять к вычету НДС по ней (п. 12 ст. 171 НК РФ). Однако согласно п. 9 ст. 172 НК РФ основанием для такого вычета является счет-фактура, выставленный в адрес покупателя продавцом при получении предоплаты. А корректировочный счет-фактура, исходя из положений п. 13 ст. 171 и п. 10 ст. 172 НК РФ, является основанием для вычета разницы между суммами НДС, исчисленными исходя из стоимости уже отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) до и после увеличения этой стоимости.
В письме от 12.04.2019 № 03-07-11/26126 финансисты указали, что суммы НДС в размере 2% налога, доплаченные покупателем после 1 января 2019 г. продавцу к предварительной оплате (частичной оплате), в связи с увеличением налоговой ставки с 18 до 20%, принимаются покупателем к вычету на основании корректировочных счетов-фактур, составленных и выставленных продавцом в порядке, рекомендованном письмом ФНС России от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@ и согласованном Минфином России.