Из текста вопроса следует, что при общей продолжительности ежегодного отпуска 42 календарных дня работник отгулял 29 календарных дней.
При исчислении общей продолжительности ежегодного оплачиваемого отпуска дополнительные оплачиваемые отпуска суммируются с ежегодным основным оплачиваемым отпуском (ст. 120 Трудового кодекса РФ).
!Таким образом, с точки зрения трудового законодательства ежегодный оплачиваемый отпуск включает в себя как основной, так и дополнительный отпуск.
Часть отпуска, превышающая 28 календарных дней, по письменному заявлению работника может быть заменена денежной компенсацией (ст. 126 ТК РФ).
На основании изложенного если работник в текущем году использовал не весь оплачиваемый отпуск, то часть отпуска, превышающая 28 календарных дней, может быть заменена денежной компенсацией независимо от оснований предоставления отпуска.