Пени за просрочку при зачете налога

В последний день для уплаты НДС организация по каналу электронной связи отправила в налоговый орган заявление о зачете суммы переплаты по налогу на прибыль в счет уплаты НДС. Решение о зачете принято налоговым органом через десять дней, за эти дни организации начислены пени.
Каким образом возможно применить на практике право на проведение зачета, предусмотренное ст. 78 НК РФ, если налогоплательщик не может досрочно исчислить налог и подать заявление о зачете, а налоговый орган не может произвести зачет, пока не станет известна сумма, подлежащая зачету (до подачи налогоплательщиком декларации)?