Средний заработок для оплаты отпуска или выплаты пособия по временной нетрудоспособности исчисляется в соответствии с Положением об особенностях порядка исчисления средней заработной платы, утв. Постановлением Правительства РФ от 11.04.2003 № 213 (далее — Положение).
Положение распространяется на всех работодателей, в том числе и на организации, финансируемые из бюджетов (ст. 139 ТК РФ).
Согласно п. 2 Положения для расчета среднего заработка учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые в организации независимо от источников этих выплат.
Система оплаты труда устанавливается в том числе и локальными нормативными актами организации. Положение о премировании относится к локальным нормативным актам. Следовательно, премии, указанные в вопросе, должны учитываться при расчете среднего заработка, поскольку они предусмотрены действующей в организации системой оплаты труда.