При продаже квартиры продавец имеет право на имущественный вычет в размере ее продажной стоимости, но не более 1 млн руб. (подп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ). Причем только в том случае, если он получает доходы, облагаемые НДФЛ по ставке 13% (п. 1 ст. 220 НК РФ).
Из вопроса следует, что продавец квартиры хотя и гражданин РФ, но постоянно проживает за ее пределами и в России находится менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев. То есть для целей исчисления НДФЛ он признается нерезидентом (п. 2 ст. 207 НК РФ).
Доходы нерезидентов, получаемые ими от источников в Российской Федерации, облагаются по ставке 30%.
Таким образом, гражданин РФ, постоянно проживающий за границей и находящийся на территории РФ менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев, не имеет права на имущественный вычет при продаже квартиры, поскольку у него нет доходов, облагаемых по ставке 13%.