Если предприниматель утратил право на применение патентной системы налогообложения, он обязан перейти на общий режим с начала периода, на который был выдан патент (п. 6 ст. 346.45 НК РФ). При этом согласно п. 7 ст. 346.45 НК РФ за указанный период предприниматель должен уплатить налоги общего режима в порядке, предусмотренном для вновь зарегистрированных индивидуальных предпринимателей. И пени в случае несвоевременного перечисления авансовых платежей по налогам общего режима за период, на который был выдан патент, индивидуальный предприниматель не уплачивает.
На этом основании в письме от 23.12.2014 № 03-07-14/66654 специалисты Минфина России сделали вывод, что штрафные санкции за несвоевременную подачу декларации по НДС за период, в котором предприниматель утратил право на применение ПСН, применяться не должны.