При методе начисления в целях исчисления налога на прибыль стоимость выполненных работ должна включаться в состав доходов на дату их реализации, определяемую в соответствии с п. 1 ст. 39 НК РФ, независимо от фактического поступления денежных средств (п. 3 ст. 271 НК РФ). Такой датой, исходя из положений п. 1 ст. 39 НК РФ, является день передачи результатов выполненных работ заказчику. Рассмотрим, что свидетельствует о передаче работ заказчику.
Из пунктов 1 и 2 ст. 720 ГК РФ следует, что принятие заказчиком выполненных работ осуществляется путем подписания акта или иного документа, удостоверяющего приемку. В рассматриваемой ситуации стороны договора подряда для оформления приемки выполненных работ используют унифицированные формы № КС-2 и КС-3, утвержденные постановлением Госкомстата России от 11.11.99 № 100. Согласно указаниям по заполнению этих форм акт о приемке выполненных работ (форма № КС-2) применяется для приемки выполненных подрядных строительно-монтажных работ, а справка о стоимости выполненных работ и затрат (форма № КС-3) используется для расчетов с заказчиком за выполненные работы. Поскольку заказчик подписал форму № КС-2, это означает, что он принял результат выполненных подрядчиком работ. Отказ же от подписания формы № КС-3 свидетельствует лишь о несогласии со стоимостью работ, подлежащей оплате.
В письме от 31.12.2014 № 03-03-06/1/68990 Минфин России разъяснил, на какую дату следует признавать доход, если оплата выполненных работ взыскивается с заказчика по решению суда. Финансисты указали, что при наличии подписанного акта сдачи-приемки работ доход признается на дату подписания вышеуказанного акта. Если же такой акт не подписан, доход учитывается на дату вступления в силу решения суда на основании п. 3 ст. 250 НК РФ.
Таким образом, поскольку в рассматриваемой ситуации работы приняты заказчиком и подписан акт по форме № КС-2, подрядчик должен был отразить в налоговом учете доход от их реализации на дату подписания акта в декабре 2015 г. по сметной (договорной) стоимости, которая указывается в форме № КС-2. Если по решению суда заказчик оплатил работы в большем размере, разница признается в доходах на дату вступления в силу решения суда на основании п. 3 ст. 250 НК РФ.
В рассматриваемой ситуации в декабре 2015 г. подрядчик доход от реализации работ не признал. Такая ошибка привела к занижению суммы налога на прибыль за 2015 г. Следовательно, подрядчик должен представить в налоговый орган уточненную декларацию по налогу на прибыль за 2015 г. (п. 1 ст. 81 НК РФ).
Теперь разберемся с НДС. Исходя из положений п. 1 ст. 167 НК РФ этот налог должен быть исчислен, в частности, на дату отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг). Так как факт выполнения работ и их приемки заказчиком, как уже было указано выше, удостоверяется актом по форме № КС-2, на дату подписания этого акта в декабре 2015 г. подрядчик должен был исчислить НДС с договорной (сметной) стоимости выполненных работ и выставить не позднее пяти календарных дней в адрес заказчика счет-фактуру (п. 3 ст. 168 НК РФ).
Из текста вопроса следует, что подрядчик в декабре 2015 г. НДС со стоимости выполненных работ не начислял и счет-фактуру в адрес заказчика не выставлял. Поскольку такие действия привели к занижению суммы НДС, подрядчик в соответствии с требованиями п. 1 ст. 81 НК РФ должен представить уточненную декларацию по НДС за IV квартал 2015 г., а также выставить в адрес заказчика счет-фактуру. Так как этот счет-фактура относится к IV кварталу 2015 г., его надо зарегистрировать в дополнительном листе книги продаж за IV квартал 2015 г. (п. 3 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по НДС, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).
Если выплаченная по решению суда стоимость работ превышает указанную в счете-фактуре, на сумму разницы подрядчик должен начислить НДС и выставить корректировочный счет-фактуру. Сделать это нужно не позднее пяти календарных дней считая со дня составления документов, указанных в п. 10 ст. 172 НК РФ. Такими документами являются договор, соглашение, иные первичные документы, подтверждающие согласие (факт уведомления) покупателя на изменение стоимости и (или) объема отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) (п. 10 ст. 172 НК РФ). Обратите внимание, что решение суда к таким документам не относится (постановление АС Московского округа от 03.09.2015 № Ф05-11522/2015 (Определением Верховного суда РФ от 03.12.2015 № 305-КГ15-16417 отказано в передаче дела на рассмотрение коллегии по экономическим спорам).
Следовательно, нужно составить с заказчиком дополнительное соглашение к договору подряда об изменении стоимости выполненных работ. Отметим, что заказчик должен быть заинтересован в составлении такого документа, поскольку на основании корректировочного счета-фактуры он сможет принять к вычету НДС с суммы разницы между сметной (договорной) стоимостью и стоимостью выполненных работ, оплаченной по решению суда.