Да, организация вправе учесть такие расходы. Порядок их списания в налоговом учете будет зависеть от стоимости сигнализации.
Противоугонное оборудование можно демонтировать в любой момент без вреда для автомобиля. Следовательно, установка такого оборудования является отделимым улучшением арендованной машины.
Отделимые улучшения арендованного имущества, произведенные арендатором, являются его собственностью, если иное не предусмотрено договором аренды (п. 1 ст. 623 ГК РФ). Имущество стоимостью более 40 000 руб. со сроком полезного использования более 12 месяцев в целях главы 25 НК РФ признается амортизируемым (п. 1 ст. 256 НК РФ).
Таким образом, если сумма расходов на приобретение и установку сигнализации превысила 40 000 руб., то в целях налогообложения прибыли их необходимо учитывать через механизм начисления амортизации. При этом норма амортизации по этим объектам определяется исходя из срока их полезного использования в соответствии с Классификацией основных средств, включаемых в амортизационные группы, утвержденной постановлением Правительства РФ от 01.01.2002 № 1 (письмо Минфина России от 29.05.2007 № 03-03-06/1/334).
Впрочем, не исключено, что компания потратила не так много денег на покупку противоугонной системы. Если расходы составили 40 000 руб. или меньше, то в число амортизируемых объектов сигнализацию включать нет оснований. Ее стоимость вашей компании необходимо списать в составе материальных расходов на приобретение имущества, не являющегося амортизируемым. Признать затраты следует единовременно в момент ввода сигнализации в эксплуатацию (подп. 3 п. 1 ст. 254 НК РФ).
Согласно ст. 622 ГК РФ при прекращении договора аренды арендатор обязан вернуть арендодателю имущество в том состоянии, в котором он его получил, с учетом нормального износа или в состоянии, обусловленном договором. Это означает, что именно ваша компания отвечает за сохранность взятого в аренду автомобиля. Так что проблем с подтверждением экономической обоснованности затрат возникнуть не должно.