Приказом ФТС России от 27.05.2009 № 957 «О совершенствовании структуры таможенных органов, расположенных в Московской области» ликвидируется Подольская таможня.
С 3 ноября 2009 г. Подольская таможня перестанет существовать, ее присоединят к Зеленоградской таможне.
Кроме того, 1 сентября текущего года будут ликвидированы Видновский, Комсомольский, Люторецкий, Михневский, Павловский, Подольский и Серпуховский таможенные посты Подольской таможни. А НароФоминский, Каширский, Домодедовский и Ступинский таможенные посты будут переподчинены. НароФоминский таможенный пост — Зеленоградской таможне, остальные — Ногинской.
Контролировать склады временного хранения и таможенные склады, которые находились под контролем Подольской таможни, а также выдавать новые свидетельства о включении в Реестр владельцев складов временного хранения и таможенных складов юридическим лицам будут Зеленоградская и Ногинская таможни.
Выпуск грузовых таможенных деклараций, зарегистрированных ликвидируемыми таможенными постами Подольской таможни и не оформленных до 1 августа 2009 г., а также зарегистрированных переподчиняемыми таможенными постами Подольской таможни и не оформленных в соответствии с заявленными режимами до 1 сентября 2009 г., будет осуществлять Зеленоградская таможня.